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1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
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宇宙世纪0068年,居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡,由此引发了连番的动乱,许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年,爱德华·玛斯(池田秀一 配音)以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里,他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛(柿原彻也 饰)互相赏识,成为模拟好友…